Les commandes des sous-marins sont:
 

Si vous avez coulé le sous-marin rouge, prenez le vôtre et regardez la carte. Prenez la direction de la chaîne de petites îles au sud est de la maison la plus à l'est du continent de Gongaga. Plongez et vous trouverez le sous-marin rouge. Si vous le touchez, vous recevrez la Méga Matéria Rouge du sous-marin coulé. Si vous avez failli à couler le sous-marin, il ne sera pas là. Notez que vous pouvez attendre le CD3 pour récupérer cette Méga Matéria.

Ensuite, en surface, de là où vous êtes (au dessus du sous-marin rouge coulé), allez au nord, et suivez la côté. Vous longerez alors une péninsule, une fois au bout, allez à l'ouest et redescendez. C'est un cul-de-sac me direz-vous... Plongez maintenant. Au fond, il y a un avion qui a manqué son amerissage... Si vous le touchez vous pourrez le visiter. Attention, les bestioles d'ici ne sont pas très simples à vaincre.

À l'intérieur, descendez l'échelle. Courez à gauche pour trouver un point de sauvegarde et un coffre où se trouve Apocalypse. Entrez par la porte la plus au nord (celle qui a un emblème ShinRa dessus) et allez à droite le long de la passerelle. Un coffre se trouve au bout contenant une armure Garde d'escorte. Descendez pour examiner le niveau inférieur et dirigez vous vers le coin supérieur gauche. Câché par un tuyau, il y a un coffre vert avec l'arme finale de Youffie: Conformiste. Maintenant, si vous cherchez bien dans le coin supérieur droit, il y a une matéria: Attaque double. Ensuite, retournez à l'entrée et allez au nord, puis à l'est, à travers la vapeur. Ceci mène au dernier coffre: un Mégalixir vous y attend.

Retournez à la pièce principale et traversez la porte sur la mur de gauche. Dans la pièce adjacente se trouvent Reno et Rude, des Turks, qui vous parleront brièvement avant de vous attaquer.

Sans les Turks, allez à la porte la plus au nord. Il y a un Mégalixir dans le coffre à l'entrée; si vous continuez le long de la passerelle, et tracez à droite, vous trouverez un autre coffre avec une Lance Spirituelle. Descendez les escaliers... Près du bas de l'écran, il y a deux coffres. S'y trouvent le fusil Outsider et Hautvent, le manuel de la limite 4 de Cid. Avant de partir, jetez un oeil à l'hélicoptère pour trouver une sphère rouge: la matéria "Hadès". Retournez ensuite à votre sous-marin. Vous n'aurez plus besoin de revenir ici par la suite, sauf si vous voulez combattre les monstres, qui possèdent des sources (ces objets qui vous permettent d'augmenter vos capacités. D'autres monstres identiques sont trouvables dans les environs de Mideel. Considérant la difficulté du jeu (en fait, son manque de difficulté) vous n'aurez pas besoin de faire la collecte acharnée de ces objets.

De retour dans le sous-marin, regardez la carte. Juste au sud-est du point le point le plus au sud-est du continent Nord (vous me suivez ?), il y a trois îles... Une fois là-bas, plongez, et vous verrez un tunnel sous-marin. C'est parti ! En route là-dedans. Oui, mais voilà, c'est un cul-de-sac. Mais il y a quand même un objet: c'est la clé des Anciens (Bugen Hagen vous demandera d'aller la chercher un peu plus tard).

Pour finir, retournez au Hautvent et volez jusqu'à Utaï, sur le continent le plus à l'Ouest. Montez à la statue du Dachao et continuez sur les chemins jusqu'à trouver un chemin qui monte franchement. Suivez-le jusqu'à trouver l'entrée d'une grotte. Une fois à l'intérieur, essaiez de marcher jusqu'aux colonnes de feu et Clad utilisera les Écailles-Léviathan à chaque fois. Vous trouverez un shuriken Oritsuru pour Youffie. Explorez le reste de la cave pour trouver la matéria "Vol Simultané".