Une fois la csacde déclenchée, marchez à l'intérieur. Des images d'Aeris appraîtront sur l'eau pendant que Bugen Hagenvous parlera. À présent, quittez la cité des Anciens. Se faisant, Caith Sith appelera Clad par le PHS et lui dira que Sister Ray, qui était à Junon, a été réinstallée à Midgar, et qu'elle sera utilisée pour détruire la barrière du cratère Nord, où se trouve Sephiroth. Après la Séquence Vidéo, retournez au Hautvent. Juste au moment où vous alliez embarquer, une nouvelle Arme se montre et avancera vers Midgar. Comme vous ne pouvez pas l'attaquer avec le Hautvent, ni l'atteindre avec le sous-marin, attendez-la sur la terre ferme. La toucher déclenchera une nouvelle FMV, où vous verrez Sister Ray tuer l'Arme et détruire le bouclier par la même occasion.

À ce moment du jeu, si vous retournez au lac derrière Junon, l'Arme Ultima se trouvera au-dessus de l'eau. Vous pouvez la combattre en la percutant à bord du Hautvent. Elle s'envolera après avoir un peu combattu. À partir de ce moment, elle volera sur la carte du monde comme bon lui semble. Il faudra que vous la percutiez quatre ou cinq fois avant qu'elle ne se décide à trouver une place pour accepter le combat. Après s'être échappée plusieurs fois, elle se fixera entre Canyon Cosmo et la forêt Ancienne. Le combat final se déroulera ici (ça ne sera pas très dur, elle est à bout), et quand la mort viendra pour elle, elle s'écrasera, formant un cratère vous permettant d'accèder à la forêt. Pour votre victoire, vous aurez Dernière Arme, l'arme finale de Clad. Si vous ne désirez pas combattre Ultima maintenant, vous pourrez toujours le faire au CD3.

Dans tous les cas, pilotez le Hautvent au cratère lorsque vous serez prêt. Avant d'aller plus loin, Reeve (vous savez, le gars qui contrôle Caith Sith) révèle qu'Hojo (le scientifique) a prévu d'utiliser Sister Ray une nouvelle fois,  malgré les conséquences qui pourraient être catastrophiques au vue de l'énergie consommée la dernière fois. Vous avez donc à retourner à Midgar pour arrêter Hojo.

Une fois prêt à prendre d'assaut Midgar, pilotez le Hautvent droit sur la ville, et percutez la. Clad et ses amis se retrouveront dans la soute de l'aérostat. Vous pouvez constituer une nouvelle équipe maintenant (option du haut) ou sauter en parachute tout de suite (option du bas). Quand vous pourrez bouger, suivez vos potes à l'intérieur. Il y a un point de sauvegarde ici. Parlez au gars près du panneau de bois et il vous ouvrira un passage pour accèder à une échelle menant dans les profondeur de Midgar. Au pied de cette échelle, vous trouverez un coffre avec un Élixir; courez à gauche pour avoir un Mégalixir dans le coffre.

Revenez à l'échelle et prenez les escaliers pour aller dans une pièce où il y a un escalier. Si vous la descendez, vous atteindrez une longue passerelle; dirigez-vous à l'est puis au nord pour arriver à une autre échelle. Grimpez-y pour avoir accès à au coffre que vous aviez vu plus tôt: il contient un Bracelet Aegis. Redescendez à la passerelle et courez à droite. Allez à gauche, sautez sur le tuyau du haut et montez à l'échelle. Lorsque vous verrez une autre échelle grimpez-y aussi.

Éventuellement, vous arriverez à un chemin juste en-dessous de celui sur lequel vous marchiez plus tôt. Marchez jusqu'à atteindre un toboggan: engagez-vous y, il vous déposera dans une nouvelle zone. Regardez dans le coffre à gauche (Tél. d'étoiles) puis allez à droite pour ouvrir le coffre près de l'échelle (Élixir). Descendez l'échelle. De la plateforme, atteingnez le toboggan '42'. Quand vous arriverez à l'autre bout, prenez à gauche et grimpez à l'échelle. En haut, un coffre: Rayon Max.
Retour au départ, le but étant de prendre les escaliers juste à coté du toboggan '12'.

En haut, il y a un point de sauvegarde. Longez le pour arriver dans un système de tunnels souterrains. Descendez au sol et prenez au sud. Même si plusieurs chemins se séparent en deux ici, un seul mène à la suite, l'autre étant tout de suite bloqué. Continuez d'aller au sud, vous trouverez un coffre dans un des passages se séparant, il contient une source de pouvoir. Continuez à aller au sud. Au prochain écran, il y a parterre une source de protection. Au sud ! Deux coffres ensuite: une source d'esprit et une source de magie. En continuant au sud à partir d'ici, vous arriverez à un cul-de-sac. Dans le coin gauche, il y a un point de sauvegarde, dans le coin droit il y a une matéria jaune: Élément-W. Si vous appuyez sur le mur, vous constaterez que vous ne pouvez pas aller plus loin.

Donc, retournez jusqu'à la première zone (où se trouve l'échelle). Essaiez d'aller au nord et devenez qui vous verrez ! Les Turks restants, et ils sont ici pour un combat final avec Clad et ses amis.
 
 

Après la bataille, allez au nord. Quand vous atteindrez le passage qui se sépare, allez au nord encore une fois. Si Cid n'est pas dans votre équipe, il se montrera ici. Prenez le chemin de droite et au prochain carrefour, prenez à gauche, vous arriverez à un passage bloqué. Mais il y a une échelle contre le mur de gauche qui mène au building Shinra. Si Caith Sith est dans votre équipe, il vous parlera. Sinon, vous le verrez dans le batiment. Si vous n'aviez pas lu l'affiche  du Turtle Paradise, faîtes-le maintenant (au fond sur le tableau d'affichage au 1er étage). Dans la pièce adjacente, il y a deux coffres que l'employée Shinra ne vous laissait pas regarder avant. Ils contiennent un Poing Maître et un Pile Banger. Avant de partir, allez au 64ème étage et regardez dans les casiers. Si vous regardez sur le bord gauche de la ligne de casiers contre le mur, vous trouverez le Cri HP, l'arme finale de Caith Sith

Retournez dans les passages souterrains une nouvelle fois. Allez au sud d'un écran de carrefour et vous atteindrez une seconde pièce, prenez à gauche. Vous serez à l'intérieur. Marchez à travers les vapeurs rouges pour monter et sauter sur la rue principale. Allez au nord et un gros monstre mécanique apparaîtra derrière vous. Ce sont Heidegger et Scarlet qui le contrôle. Après s'être moqués de vous, ils vous attaqueront.
 

Vous retournez au Hautvent le combat fini. Il y aura ensuite une courte séquence entre Clad et Tifa. Bien, c'est la fin de ce CD !