Retournez dans le Hautvent, formez une nouvelle équipe et prenez le contrôle de l'aérostat. Vous pouvez acheter des objets qui n'étaient pas disponible avant à Mideel, et vous voudrez avoir la matéria 'Contenir'... Pour l'obtenir, montez la pente sur le côté ouest de la cité, trouvez le gamin hyper actif (celui qui cours dans tous les sens) et parlez à son chocobo blanc (prenez l'option du haut en ayant fait attention à avoir un légume Mimett sur vous). Lorsqu'une liste de six options apparaît, prenez la cinquième. Le chocobo vous révèlera la matéria "Contenir", que vous prendrez.
D'ailleurs, à propos de ce gamin... J'espère pour vous que vous étiez aller dans tous les magasins de la ville avant sa destruction... Parce que ce gamin vend maintenant tous les objets de tous les magasins que vous aviez visité.... Mais uniquement ceux-là !

C'est aussi à ce moment-là que l'homme qui a perdu ces clés apparaît à Midgar, ce qui vous permet de la retrouver (La clé de Midgar). Vous voudrez peut-être aussi prendre votre temps pour commencer à élever vos chocobos, faire un peu de shopping, ou vous amuser un peu au Gold Saucer (maintenant que vous avez Clad).

Quand vous serez prêt à reprendre le cours du jeu, allez à Junon pour la troisième quête des Méga Matérias (Vous ne pourrez atteindre la quatrième que plus tard. Allez au centre de Junon et descendez la rue principale (vous verrez une scène où Clad constate les dégâts causés par l'Arme). Continuez de marcher jusqu'à arriver à un passage gris (un tunnel en fait), où un commandant entraine ses soldats. Il ordonnera à ses hommes de s'enfuir quand il vous verra. Continuez votre chemin dans ce passage jusqu'à une porte nommée '1'. Entrez-y et vous trouverez un ascenseur. Deux gardes vous attaqueront. Demandez ensuite à la femme de vous faire descendre. En bas, vous serez attaqué par plus de soldats Shinra. Ignorez le chien et descendez encore. Dans la pièce adjacente, descendez les escaliers et vous atteindrez une nouvelle porte. Continuez jusqu'au point de sauvegarde. Passez par la porte pour trouver un second ascenseur qui vous emmènera au plus profond de la mer. Allez au nord: vous atteindrez un tunnel en verre. Ici, vous serez sûrement attaqué par un 'Vaisseau fantôme'. Si c'est le cas, transformez le, vous aurez un guide, ce guide servira plus tard. Au fond, la porte d'un complexe Mako. Dedans, examinez les lumières rouges sur le mur du fond pour pomper l'eau de la chambre. Vous trouverez ensuite un dock sous-marin où, devinez quoi, il y a des sous-marins (dingue, quand même ?!). Marchez sur la passerelle, elle mène à un point de sauvegarde. Marchez au nord d'ici et vous arriverez à une pièce remplie de soldats.

Si vous parlez au garde qui marche, il vous attaquera. Vous combatterez ensuite deux autres gardes. Si vous ne lui parlez pas, les trois se jèteront sur vous... À vous de choisir. Prenez l'ouverture à votre droite et vous trouverez une pièce remplie de machines. Clad s'arrêtera automatiquement devant l'une d'elle quand vous passerez devant. Quand vous le contrôlerez à nouveau, allez à droite pour voir la Méga Matéria Rouge en train d'être chargée à bord d'un des sous-marins ShinRa. Reno des Turks est présent et il invoquera une bestiole mécanique pour vous occupez pendant qu'il fuiera.
 
 
 

Une fois le boss en-dehors de votre chemin, ouvrez le coffre (Bugle de Combat). Retournez à droite et courez jusqu'au sous-marin gris. Ouvrez le coffre pour y trouver un cimetière. À gauche du coffre, récupérez l'objet clé Ecailles-Léviathan, vous en aurez besoin plus tard. Montez les escaliers pour combattre quelques soldats. Clad pénètrera dans le sous-marin et sera pris en embuscade par trois soldats. Vous pouvez voler/gagner des Bêta ShinRa, mais ce n'est une armure sensationnelle... Il y a un point de sauvegarde juste après et après l'avoir utilisé, prenez la direction de la porte du nord pour atteindre le pont du sous-marin.
Ici vous recontrerez deux gardes et leur commandant un peu dérangé. Vous pouvez les laisser vivre (option du bas) ou les tuer (option du haut). Vous pourrez alors voler l'armure Alpha ShinRa du capitaine (armure très solide). Peu importe votre choix, examinez le siège du capitaine et vous aurez le droit à trois options. Prenez la seconde pour monter sur le siège. D'ici, prenez la première option pour avoir une description des commandes du sous-marin, ou l'option du bas pour débuter le mini-jeu d'arcade (expliqué plus bas):

Vos commandes sont:
 

WARNING : Un sous-marin ennemi est en appoche.
ALERT : Un sous-marin a tiré.
MINE : Vous êtes près d'une mine
CONFLICT : Le sous-marin touche le fond ou une paroi.

À ce moment-là, vous avez deux options possibles: soit vous retournez à Junon vous chercher un sous-marin, ou vous pouvez aller au Village Fusée et faire la quatrième et dernière quête pour les Méga Matérias. Si vous avez déjà le sous-marin, vous pouvez faire un peu d'exploration sous-marine, pour récupérer la Méga Matéria (plus d'explications dans le chapitre suivant) ou aller en HautVent au Village Fusée.

Si vous avez besoin d'un autre sous-marin (dans le cas où vous vous êtes fait détruire le vôtre), retournez à Junon, dans le tunnel gris de tout à l'heure, prenez l'ascenseur avec la femme, traversez la pièce où se trouve le chien. Explosez les gardes et regardez le chien. Quand il bougera, suivez le et regardez le encore. Prenez l'option du haut et vous pénétrerez dans un sous-marin rouge. Encore des gardes, décidez de leur sort et prenez le contrôle du sous-marin.